武当山气候温和，雨量适中，动植物资源丰富，品种繁多。据初步考察统计，全山现有植物758种，鸟类130种，兽类49种，昆虫1055种，有许多动植物是国家重点保护对象。
　　金钱豹、猕猴、豺、水獭、金猫、大灵猫、小灵猫、青鼬、林麝、鬣羚、班羚、誉鹞、燕隼、红巢、领鸺、灰林、长耳、白冠长尾雉、红腹锦鸡、勺鸡、凤头鹰、大鲵等被列为国家一二级保护动物。
　　水杉、珙桐被列为国家一级重点保护树种；银杏、香果树、篦子三尖杉、金钱松、山白树、榧树、水青树、杜仲、胡桃、鹅掌揪等被列为国家二级重点保护树种，其中，南岩老虎岩前的一株银杏树，胸径1.35米，高约20米，树龄约600年以上，被誉为“武当银杏之王”。天竺桂、华榛、金钱槭、领春木、天目木兰、突、天目木姜子、厚朴、青檀、白辛树、紫茎、楠木、红椿、核桃楸、豆腐柴、刺五加等被列为国家三级重点保护树种。